prova a recuperare quei files danneggiati (o in settori danneggiati)
con sw tipo Easy Recovery Disk (freeware)
poi vedi che marca e modello è il tuo HD
e vai a scaricarti l'apposito sw sul sito del produttore
per formattarlo a basso livello
o per analizzare quale possa essere il problema.
Se il tuo HD non ha più di 5 anni di vita potrebbe ancora godere della garanzia del produttore.