Martin Jacques Mystère è un insolito detective: archeologo, antropologo, esperto d'arte, collezionista di oggetti inusuali, uomo d'azione e instancabile viaggiatore, è americano di nascita (vive a New York, in un piccolo appartamento pieno di libri e oggetti curiosi al numero 3/a di Washington Mews), ma si è formato culturalmente in Italia. Dopo la mysteriosa morte dei suoi genitori (1965) in un incidente aereo forse provocato dagli Uomini in Nero, ha cominciato a occuparsi dei "grandi enigmi" mai risolti, cioè di quegli enigmi che la scienza "ufficiale" non prende in considerazione e che non sono ancora stati razionalmente risolti, da quelli archeologici a quelli storici, da quelli scientifici o parascientifici a quelli esoterici, spaziando occasionalmente nel campo degli Ufo, dei poteri Esp, della magia. Argomenti che esercitano l'inquietante attrazione dell'inesplicabile, un fascino che diventa ancora più intrigante quando i "mysteri" si svolgono ai nostri giorni, nella nostra società e nel nostro tempo, e quando, in ambienti apparentemente consueti e ordinari, il fantastico si scatena all'improvviso.
Java è l'inseparabile assistente e amico di Martin Mystère, con cui condivide ogni scoperta e ogni avventura. Il suo aspetto è quello inequivocabile di un uomo di Neanderthal: tozzo, muscoloso, lievemente ricurvo, la fronte bassa e sfuggente. Java non parla: si esprime a gesti ed emette mugolii simili a quelli di un animale che si trasformano in veri e propri ruggiti quando è infuriato.
MM è un fumetto molto particolare, c'è una ricchissima parte documentaristica.
E' un fumetto che, almeno per i primi 100 numeri, era pieno zeppo di idee interessanti e fatti curiosi.
Attualmente MM è passato alla bimestralità che consente una maggiore cura alla serie.