Nato a Roma il 9 dicembre 1930, ad appena 14 anni, in piena occupazione nazista, si distingueva già alla testa dell'unione degli studenti italiani per sostenere i movimenti di liberazione. Figlio di un critico d'arte, respira in casa letteratura e arte (sua sorella Titina muove già i primi passi come pittrice), incontra ospiti illustri che presto lo spingono a partecipare alle lotte del partito comunista. A guerra finita lascia il liceo classico, dove ha incontrato un'amica e una compagna di battaglie politiche come Luciana Castellina, si iscrive al Pci e nel 1949 prende il diploma del Centro Sperimentale di Cinematografia, fondato da Luigi Chiarini che poi lo assumerà come assistente alla regia. Ma è con Michelangelo Antonioni che conosce davvero il set, aiuto regista nel documentario "L'amorosa menzogna" del 1948. Tra l'elettrico "Citto" (ben presto tutti lo conosceranno così) e il pensoso regista ferrarese si stabilisce una corrente di simpatia e empatia artistica che li terrà insieme, con alterne vicende, per tutta la vita. Lavora alla sceneggiatura del film d'esordio di Antonioni "Cronaca di un amore" (1950) e poi a "La signora senza camelie" tre anni dopo.
Intanto si fa le ossa con una serie di memorabili documentari, a cominciare da "Bagnaia paese italiano" del '49, arrivando anche al festival di Cannes con "Bambini" del '51 per il quale ottiene la collaborazione di Giorgio Bassani. Il 1953 + per lui un anno di svolta: dirige l'episodio "Storia di Caterina" per il film "Amori in città" ideato da Cesare Zavattini e collabora con Luchino Visconti al film collettivo "Siamo donne" nell'episodio con Anna Magnani. Sempre Visconti gli presenta Goliarda Sapienza (che sarà la sua compagna per anni) e garantisce per lui aiutandolo a strappare il primo contratto per un lungometraggio nel 1955: è "Gli sbandati", diretto ad appena 23 anni nel '55 e subito invitato alla Mostra di Venezia dove Maselli si afferma come una delle più belle sorprese del momento.
In quella stagione lussureggiante di talenti sono però ferree le regole dei gruppi intellettuali e non corre buon sangue tra Antonioni e Visconti. Così la rottura tra Citto e Michelangelo è brutale. I due, che si sfidavano in gare di velocità notturne ed erano al centro di infuocate discussioni estetiche, non si parleranno per anni, mentre il circolo dei "viscontiani" lo accoglie a braccia aperte: oltre al cinema per lui si aprono anche le porte della lirica (un amore accarezzato tutta la vita) e dirige al Teatro La Fenice uno storico "Trovatore" di Giuseppe Verdi. Appena un anno dopo Maselli è di nuovo sul set con "La donna del giorno", seguito da "I delfini" del 1960 (forse una delle sue opere migliori), fino a un capolavoro come "Gli indifferenti" (1964) dal romanzo di Alberto Moravia. I produttori credono nel nuovo talento che accoppia una raffinatezza di stile e una sintonia con i tempi nuovi oltre il neorealismo ormai accademico e gli offrono buoni contratti. Così Citto accetta la proposta di Franco Cristaldi per un giallo ironico ("Fai in fretta ad uccidermi… ho freddo" con Monica Vitti e Jean Sorel) e poi per la commedia "Ruba al prossimo tuo" con Claudia Cardinale e Rock Hudson. Siamo però ormai nel clima infuocato del '68, il regista è in prima fila nelle contestazioni della Mostra di Venezia, anima la storica associazione dei cineasti (l'Anac di cui è tra i fondatori), avverte potente il richiamo di un impegno diretto. Così si getta a capofitto nella militanza politica, mette la sua firma sul rivoluzionario statuto della "nuova" Biennale, fotografa l'immobilismo snob degli intellettuali con il provocatorio "Lettera aperta a un giornale della sera" nel 1970.
Per tutto il decennio sarà più spesso a comizi e convegni che dietro la macchina da presa ma nel 1975 gira uno dei suoi film migliori e più complessi: "Il sospetto di Francesco Maselli" con Gian Maria Volonte' militante comunista nell'Italia fascista, braccato dalla polizia segreta dell'Ovra. Tornerà a stupire 11 anni dopo, nel 1986, con l'intimo e inatteso "Storia d'amore" che porta la debuttante Valeria Golino alla Coppa Volpi come miglior attrice alla Mostra del cinema. Per lui è una nuova svolta, si appassiona alla radiografia dei sentimenti e del femminile con titoli come "Codice privato", "Il segreto", "L'alba".
Nell'ultimo periodo è tornato ad un cinema più dichiaratamente ideologico e sociale tra il televisivo "I compagni" (1999), il documentario "Civico Zero" (2007) e il profetico "Ombre rosse" (2009). Sperimentatore appassionato, fotografo d'avanguardia, memorialista attento come nel suo bellissimo "Frammenti di Novecento", Citto Maselli insieme al collega Emidio Greco inventa nel 2004 le "Giornate degli autori" a Venezia come già aveva fatto più di 30 anni prima con le "Giornate del cinema italiano" nel 1972; con l'indispensabile complicità di sua moglie, Stefania Brai, organizza i collettivi di cineasti per opere d'impegno civile come "Un altro mondo è possibile", "Lettera dalla Palestina", "Piazza San Giovanni". Affascinante per la sua eleganza naturale, martellante nella dialettica, seducente nel rapporto personale e pragmatico nella trattativa politica, Francesco Maselli è stato davvero un uomo del Novecento, capace però di vedere oltre: basta guardare una delle sue fotografie per trovarvi un talento futuribile che non ha mai avuto paura del nuovo.