Ottima scelta quella di Ubuntu
ma non sarebbe più comodo installare Ubuntu sullo stesso HD di Windows?
Avrai ad ogni avvio la possibilità di scegliere il SO alternativo, in mancanza di scelta si avvierà col SO predefinito.
Poi se per te è di estrema importanza avere sempre subito pronto un HD di emergenza per rotture accidentali del disco di sistema non lo so