Angelo Sodano è stato un sostenitore di Marcial Maciel, il sacerdote messicano fondatore dei Legionari di Cristo, condannato dalla Santa Sede nel 2006 per gli atti di pedofilia compiuti su seminaristi della sua congregazione e per averne successivamente assolti alcuni in confessione, delitto punito dal diritto canonico con la scomunica latae sententiae. Resta un sostenitore dei Legionari di Cristo[1][2].
Nel 2010 l'arcivescovo di Vienna, il cardinale Christoph Schönborn, accusò Sodano d'aver bloccato nel 1995 la creazione di una commissione di inchiesta sugli abusi sessuali di cui era stato accusato il suo predecessore Hans Hermann Groer[3]. Nello stesso anno, in occasione della messa pasquale in piazza San Pietro, Sodano ha definito "chiacchiericcio" il clamore mediatico sollevato sulla gestione dello scandalo dei preti pedofili, suscitando le proteste di alcune delle vittime di abusi[4].
Nel settembre del 2011 il gruppo di associazioni delle vittime dei preti pedofili Snap (Survivors network of those abused by priests[5]) e il Centro per i diritti costituzionali (Center for Constitutional Rights[6]) hanno depositato presso la Corte Penale Internazionale dell'Aia un ricorso[7], in cui accusavano Papa Benedetto XVI, il segretario di Stato cardinale Tarcisio Bertone, il suo predecessore, il cardinale Angelo Sodano, e il prefetto della Congregazione per la Dottrina della Fede, cardinale William Levada, di crimini contro l'umanità[8] per una presunta copertura di reati commessi da sacerdoti contro i minori[9][10][11].
Nel febbraio del 2012 il ricorso è stato ritirato dallo stesso legale proponente, l'avvocato Jeff Anderson. Secondo il legale della Santa Sede, l’avvocato Jeffrey S. Lena, il ritiro del ricorso ha provocato «l’archiviazione immediata della causa, senza che sia necessaria una sentenza in merito emanata dalla corte». Sempre secondo Lena: «Hanno ritirato tutto perché sapevano che avrebbero perso se avessero continuato a perseguire il caso. Non volevano una pronuncia negativa da parte del giudice» che avrebbe fatto giurisprudenza.[12][13].